Наукова та методична діяльність є невід’ємною  складовою   освітньої діяльності Інституту і здійснюється у відповідності до вимог чинного законодавства України.    
У складі ІППО КУ імені Бориса Грінченка працює дванадцять науково-методичних центрів. Вісім з них входять до складу кафедр Інституту. Так, НМЦ дошкільної та початкової освіти та НМЦ здоров’я, фізичної та естетичної культури входять до складу кафедри методики та психології дошкільної та початкової освіти, НМЦ природничо-математичної освіти та НМЦ технологій працюють у складі кафедри природничо-математичної освіти та технологій. Складовими кафедри методики мов і літератури є НМЦ української мови та літератури та НМЦ іноземних мов і світової літератури. У складі кафедри методики суспільно-гуманітарної освіти та виховання діють НМЦ суспільствознавства і українознавства та НМЦ громадянського виховання, виховних технологій та позашкільної освіти.
Чотири науково-методичних центри є загальноінститутськими. Це НМЦ зовнішнього незалежного оцінювання, НМЦ профільного навчання, НМЦ управління освітою та методичною роботою та НМЦ практичної психології.
Працівники НМЦ проводять наукову й методичну  діяльність  з  однієї  або  кількох споріднених навчальних дисциплін чи спеціальностей.